innoDB預設使用ibdata[]檔案列存儲所有資料庫與資料表，個人認為在ibdata多檔產生後的底層資料搜尋會是個浪費。

果然找到將ibdata依表存檔的設定：

# my.ini or my.cnf
innodb_file_per_table=1

已在使用如要優化建議匯出->刪檔->匯入。

參考：http://xyz.cinc.biz/2014/10/mysql-innodb-reclaim-free-space.html